Văn phòng là tổ chức trực thuộc Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước miền Bắc có chức năng tham mưu giúp Liên đoàn trưởng thực hiện công tác tổng hợp thông tin phục vụ quản lý, chỉ đạo, điều hành; quản lý, tổ chức thực hiện công tác hành chính,quản trị;văn thư, lưu trữ; công tác tuyên truyền, thi đua khen thưởng và quốc phòng - an ninh; chế độ chính sách, tổ chức bộ máy, viên chức và người lao động của Liên đoàn.
Phòng Quy hoạch tài nguyên nước là tổ chức trực thuộc Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước miền Bắc, có chức năng tham mưu, giúp Liên đoàn trưởng tổ chức thực hiện việc lập quy hoạch về tài nguyên nước trong phạm vi hoạt động của Liên đoàn.
Phòng Điều tra tài nguyên nước là tổ chức trực thuộc Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước miền Bắc, có chức năng tham mưu, giúp Liên đoàn trưởng tổ chức thực hiện các nhiệm vụ về điều tra cơ bản, quan trắc tài nguyên nước trong phạm vi hoạt động của Liên đoàn.
Phòng Công nghệ, phân tích và xử lý nước là tổ chức trực thuộc Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước miền Bắc, có chức năng tham mưu, giúp Liên đoàn trưởng tổ chức thực hiện các nhiệm vụ, nội dung về chất lượng tài nguyên nước và thực hiện các hoạt động tư vấn, dịch vụ về công nghệ, phân tích và xử lý nước theo quy định của pháp luật