Văn phòng là tổ chức trực thuộc Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước miền Bắc có chức năng tham mưu, giúp Liên đoàn trưởng tổng hợp, xử lý thông tin phục vụ quản lý, chỉ đạo, điều hành; tổ chức bộ máy, chế độ chính sách; công tác hành chính quản trị văn phòng; văn thư, lưu trữ; công tác truyền thông, tuyên truyền, thi đua khen thưởng và quốc phòng - an ninh của Liên đoàn.
Phòng Quy hoạch tài nguyên nước là tổ chức trực thuộc Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước miền Bắc, có chức năng tham mưu, giúp Liên đoàn trưởng quản lý và tổ chức thực hiện các nhiệm vụ về lập quy hoạch, bảo vệ tài nguyên nước và hợp tác quốc tế trong phạm vi hoạt động của Liên đoàn.
Phòng Điều tra tài nguyên nước là tổ chức trực thuộc Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước miền Bắc, có chức năng tham mưu, giúp Liên đoàn trưởng quản lý và tổ chức thực hiện các nhiệm vụ về điều tra cơ bản, quan trắc, giám sát tài nguyên nước và khoa học công nghệ trong phạm vi hoạt động của Liên đoàn.
Phòng Công nghệ, phân tích và xử lý nước là tổ chức trực thuộc Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước miền Bắc, có chức năng tham mưu, giúp Liên đoàn trưởng tổ chức thực hiện các nhiệm vụ, nội dung về chất lượng tài nguyên nước và thực hiện các hoạt động tư vấn, dịch vụ của Liên đoàn về Công nghệ, phân tích và xử lý nước theo quy định của pháp luật.